Что такое functions.php

functions.php — это главный файл в вашей теме. В нём располагаются настройки вашей темы.
Найти его можно в разделе /wp-content/themes/{тутназваниевашейтемы}/functions.php

Не вносите изменения в этот файл, если они не связаны с текущей темой напрямую. Для этого лучше всего использовать MU Plugins